総務・企画

1. 庶務に関すること。
2. 経理に関すること。
3. 高知県感染症情報センターに関すること。
4. 高知県気候変動適応センターに関すること。
5. 地域の保健、医療及び福祉に関する情報の収集、処理及び提供並びに調査研究に関すること。
6. 感染症発生動向調査に関すること。
7. 衛生環境研究所の事務運営方針等の検討・協議、組織に関すること。 

保健科学課

1. 微生物による疾病の予防に関する調査研究及び試験検査に関すること。
2. 健康の保持、増進等に係る微生物学的な調査研究及び試験検査に関すること。
3. 微生物による健康危機事象の疫学的な調査研究及び試験検査に関すること。
4. 食品及び飲料水の微生物学的な調査研究及び試験検査に関すること。
5. 衛生微生物等の調査研究及び試験検査に関すること。
6. 感染症発生動向調査に関すること。
7. 微生物のゲノム解析等、遺伝子に関する調査研究及び試験検査に関すること。
8. 前各号に掲げるもののほか、保健科学の推進に必要な調査研究及び試験検査に関すること。
9. 地域保健関係者に対する前各号に掲げるものに係る研究及び技術指導に関すること。

生活科学課

1. 理化学的要因による疾病の予防に関する調査研究及び試験検査に関すること。
2. 健康の保持、増進等に係る理化学的な調査研究及び試験検査に関すること。
3. 理化学的要因による健康危機事象の疫学的な調査研究及び試験検査に関すること。
4. 食品及び飲料水の理化学的な調査研究及び試験検査に関すること。
5. 医薬品等の調査研究及び試験検査に関すること。
6. 化学物質等の調査研究に関すること。
7. 毒性学的試験検査に関すること。
8. 室内空気等の理化学的な調査研究及び試験検査に関すること。
9. 毒物劇物の調査研究及び試験検査に関すること。
10. 家庭用品等の理化学的な調査研究及び試験検査に関すること。
11. 温泉の理化学的な調査研究及び試験検査に関すること。
12. 放射能の調査研究及び試験検査に関すること。
13. 前各号に掲げるもののほか、生活科学の推進に必要な調査研究及び試験検査に関すること。
14. 地域保健関係者に対する前各号に掲げるものに係る研修及び技術指導に関すること。

環境科学課

1. 環境保全に係る監視、測定調査及び検査に関すること。
   • 工場・事業場の立入検査（ばい煙等監視測定、排水監視測定）
   • 大気調査（常時監視局、移動測定、有害大気汚染物質測定、PM2.5成分分析）
   • 水質調査（公共用水域等）
   • 環境汚染事故等に対する危機管理、行政依頼検査
   • 騒音（航空機騒音等）・振動・悪臭の測定
   • 国設檮原測定局（酸性雨等）
2. 環境保全に係る研修及び試験研究に関すること。
   • 水質、大気、廃棄物等に関する調査研究
   • 化学物質等による環境汚染に係る調査研究
   • 災害時における生活環境保全業務
3. 環境保全に係る施設及び処理技術の指導に関すること。
4. 環境及び公害の情報資料等の収集に関すること。